Kirkkovaltuusto on seurakunnan ylin päättäjä 

Seurakunnilla on laaja toiminnallinen ja taloudellinen itsenäisyys.

Seurakunnan ylin päättävä elin on kirkkovaltuusto, jonka seurakuntalaiset valitsevat seurakuntavaaleissa neljän vuoden välein. Pyhärannassa kirkkovaltuustoon kuuluu 15 luottamushenkilöä. Kirkkovaltuusto johtaa seurakunnan toimintaa.

Kirkkovaltuusto valitsee kirkkoneuvoston, joka vastaa käytännön johtamisesta ja valmistelee asiat kirkkovaltuuston päätettäväksi.

Seurakunnat kuuluvat hiippakuntiin, joita on Suomessa yhdeksän. Pyhärannan seurakunta kuuluu Turun arkkihiippakuntaan.